L'IUT de Dijon est composé de 10 Départements d'études répartis sur deux sites :
7 Départements sur le site de Dijon
3 Départements sur le site d'Auxerre
Chacun des dix Départements est dirigé, sous l'autorité du Directeur de l'IUT, par un Chef de Département, enseignant élu par le Conseil de l'IUT sur proposition du Conseil du Département.
Le Conseil de Département est composé de tous les personnels du Département (enseignants, administratifs, techniciens) et de représentants étudiants élus. Le Conseil coordonne les activités pédagogiques, administratives et techniques du département.
Chaque Département correspond à une spécialité de DUT (Diplôme Universitaire de Technologie). Le nombre d'étudiants accueillis à chaque nouvelle rentrée varie d'un Département à l'autre.