Pour coordonner l'ensemble de l'établissement, les services centraux assurent le fonctionnement administratif, logistique et technique.
L'IUT est administré par un Conseil composé de représentants des enseignants, des personnels IATOS, des collectivités locales, des milieux professionnels (organisations syndicales d'employeurs et de salariés) et des étudiants. Ce Conseil se prononce sur la politique générale de l'IUT (budget, personnels, locaux, développement, pédagogie, statuts, règlement intérieur). Le président du Conseil est choisi parmi les personnalités extérieures représentant les collectivités locales ou les milieux professionnels. Il est élu par l'ensemble des membres du Conseil.
L'IUT est dirigé par un Directeur élu par le Conseil. Le Directeur est assisté dans sa mission par le Comité de Direction composé du Directeur, du Responsable Administratif et de tous les Chefs de Départements.
